Durante los años 90, se continúa reclamando una teoría que explique nuestra realidad educativa y que al mismo tiempo ayude a guiar la labor docente. A partir de teorías instructivas y del aprendizaje, Scheerens y Creemers (1989) reflexionan sobre la necesidad de los modelos comprensivos, que integren elementos claves tanto del centro escolar, del aula y del alumno, modulados por las características de la organización y del contexto, y sus relaciones mutuas. 

Luego de dos años aparece nuevos modelos de comprensión de la eficacia educativa del aula centran la atención en el tiempo, el trabajo en equipo y el comportamiento del profesor, siendo también necesario el análisis del alumnado donde se incluyen sus aptitudes, habilidades, perseverancia, oportunidad y calidad de la enseñanza recibida, así como de la escuela y su contexto, atendiendo especialmente a aquellos factores que afectan directamente al aula. 

Respecto a las estrategias utilizadas por los docentes para despertar la motivación del alumnado, en ambos casos se recurre al reconocimiento, aunque los expertos también hacen uso del reconocimiento social y los noveles de las llamadas de atención. En lo que se refiere a la relación con las familias los noveles mantienen relaciones más directas y constantes con las familias de sus alumnos, mientras que los expertos lo hacen a través de técnicas que requieren menos contacto físico y comunicación verbal. En otras investigaciones se ha podido comprobar que la vía de comunicación más habitual entre familias y escuela son las entrevistas puntuales con el tutor. En cuanto a la relación que mantienen con el alumnado, en ambos casos fomentan unas relaciones favorables basadas en un clima de cordialidad y cercanía, fundado en el respeto mutuo. Finalmente, una gestión eficaz del aula en la creación de condiciones que faciliten los procesos de enseñanza-aprendizaje y que mejoren la convivencia en los centros; así como la necesidad de reflexionar sobre el rol que el docente desempeña y sobre las competencias básicas profesionales necesarias para llevar a cabo una eficaz gestión de aula. 

Teniendo en cuenta estos factores, diseña el modelo integrado de eficacia escolar (Scheerens, 1990,1992), basado en indicadores que aportaban información sobre el funcionamiento de los centros docentes, a nivel de aula y a nivel escolar. Entre los factores de escuela señalan: clima escolar seguro y ordenado, altas expectativas sobre el rendimiento de los alumnos, política escolar orientada al rendimiento, liderazgo educativo, evaluación frecuente del progreso de los alumnos, objetivos claros relativos a las destrezas básicas y consenso y trabajo en equipo entre los profesores. En cuanto a los factores a nivel de aula destacan: tiempo de aprendizaje eficaz o tiempo dedicado a la tarea, enseñanza estructurada o directa, oportunidad para aprender, actitudes y expectativas de los docentes, fomento de la motivación de los estudiantes y alteraciones que el currículum sufre por la situación del hogar de los alumnos.